Kun Khmer khởi nguồn từ Đế quốc Khmer. Nó bắt nguồn từ việc sử dụng chiến đấu tay đôi của quân đội Đế chế Khmer. Trong thời đại Angkor, người Khmer tập luyện cả võ thuật có vũ trang và không vũ trang. Bằng chứng cho thấy rằng một hính thức chiến đấu giống như Kun Khmer đã tồn tại vào thế kỷ thứ 9, đây có thể là một trong những lý do tại sao Đế quốc Khmer là một cường quốc quân sự ở Đông Nam Á. Đế quốc Khmer đã sử dụng hình thức sơ khai của Kun Khmer cùng với nhiều loại vũ khí và voi chiến để tiến hành cuộc chiến chống lại kẻ thù chính của họ là các tiểu quốc Champa.[9][10]

Vào thời điểm này, Đế quốc Khmer thống trị và kiểm soát hầu hết Campuchia, và mở rộng ảnh hưởng đến tận những khu vực mà ngày nay thuộc Lào, Myanmar, Thái Lan, cũng như các tỉnh miền tây Nam Bộ của Việt Nam.[11] Do đó, Thái Lan và Lào chịu ảnh hưởng nhiều bởi văn hóa Campuchia. Điều này khiến người Khmer khẳng định tất cả các hình thức quyền thuật ở Đông Nam Á đều bắt nguồn từ những người Mon-Khmer.[12] Cơ sở của tuyên bố này là những câu chuyện truyền miệng từ tổ tiên của họ được bổ sung bằng những vách phù điêu hoặc khắc đá trên các ngôi đền cổ Bayon, Banteay Chhmar và các ngôi đền Angkor khác có trước sự tồn tại của các quốc gia láng giềng. Phần lớn các văn bản về nghệ thuật Khmer cổ đại đã bị quân đội Xiêm (Thái Lan) xâm lược phá hủy, khi người Xiêm cướp phá đền Angkor.[13]

Các trận đấu Kun Khmer được tổ chức cho các sự kiện lớn như lễ hội. Đôi khi có những trận đấu trình diễn cho quốc vương xem, chọn tướng lĩnh quốc gia, vệ sĩ cho Cung điện Hoàng gia hoặc cận vệ cho lãnh tụ quốc gia,v.v. Các cuộc thi thường diễn ra vào mùa khô khi những người nông dân đã làm việc trên cánh đồng.[14] Trong thời kỳ thuộc địa Pháp, các môn võ thuật như Kun Khmer, Pradal Serey, Bokator bị thực dân Pháp xem là môn nghệ thuật tàn bạo và thiếu văn minh. Người Pháp đã biến nghệ thuật này thành một môn thể thao bằng cách thêm các hiệp đấu tính giờ, đấu trên võ đài quyền anh và có găng tay đấm bốc của phương Tây nhằm giảm sát thương. Ban đầu các trận đấu được diễn ra trong hố đất với các quy tắc hạn chế, trong khi tay được quấn bảo vệ bằng dây thừng. Một số trận đấu có võ sĩ quấn cả vỏ sò xung quanh các đốt ngón tay của họ để tăng sát thương có thể gây ra.

Cũng có một số trận được thách đấu "võ sinh tử" bằng chiếc quan tài lạnh lẻo giữa võ đài tranh hùng. Vì vậy một khi các trận đấu "kinh thiên động địa" xảy ra và kết thúc bằng cái chết không phải là chuyện hiếm.[15] Vào những năm 1960, những người quảng bá Kun Khmer đã tổ chức các cuộc triển lãm nghệ thuật liên võ thuật.[16]